Jurusan Tarbiyah STAIN Sultan Qaimuddin Kendari membuka program studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) berdasarkan izin resmi Departemen Agama RI (SK Dirjen Diktis No 2872, tanggal 28 Desember tahun 2012). Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) adalah program pendidikan berjenjang S1 (strata satu) yang mendidik calon guru profesional dan kompeten untuk mengajar pada jenjang Pendidikan Dasar. Prodi S1 PGMI Jurusan Tarbiyah STAIN Sultan Qaimuddin Kendari berupaya menerapkan dan mengembangkan paradigma pendidikan, khususnya pendidikan dasar dan pendidikan Islam, yang peka terhadap kebutuhan dan problematika masyarakat serta komitmen untuk turut berkontribusi dalam menemukan solusinya secara berkemajuan. Demi maksud itu, Prodi S1 PGMI Jurusan Tarbiyah STAIN Sultan Qaimuddin Kendari berusaha menyelenggarakan pendidikan tinggi yang memenuhi standar mutu sebagai bentuk pertanggungjawaban kepada stakeholders baik secara internal maupun eksternal. Sebagaimana diamanatkan oleh PP No. 19 Tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan Pasal 2 ayat 1, maka standar mutu pendidikan yang harus memperoleh jaminan dalam proses penyelenggaraan pendidikan tinggi tersebut mencakup: standar isi, standar proses, standar kompetensi lulusan, standar pendidik dan tenaga kependidikan, standar sarana dan prasarana, standar pengelolaan, standar pembiayaan, dan standar penilaian pendidikan. Pencapaian standar mutu dimaksud selanjutnya merupakan core awareness dan diyakini oleh Prodi S1 PGMI Jurusan Tarbiyah STAIN Sultan Qaimuddin Kendari harus menjadi suatu proses yang terencana secara sistematis dan berkelanjutan (continual quality improvement).